После завоевания Ташкента правительство Российской империи приступило к формированию системы административной власти, стремясь закрепить свое колониальное* господство. 6 августа 1865 г. Александр II утвердил “Временное положение об управлении Туркестанской областью”. Система организации власти называлась “военно-народным управлением”. Главой местной администрации являлся военный губернатор, в руках которого сосредоточивалась военная и гражданская власть. На местах администрацию возглавляли начальники отделов, одновременно являвшиеся военными комендантами. Им подчинялись управляющие местным населением, назначаемые из российских чиновников. Они осуществляли общий полицейский надзор за местным населением.

Местная администрация играла вспомогательную роль. Коренным населением городов управлял аксакал, которому подчинялись аксакалы городских районов, выбираемые домовладельцами. Обязанности полицейских выполняли раисы. Они наблюдали за базарной торговлей и общественным порядком. Отдельно вводилась должность закятчи, который отвечал за сбор налогов.

Для местного населения сохранялся суд казиев, а для кочевого населения — биев. Судьи избирались на три года. Переселенцев из России судили в царских судах.

Для того, чтобы усилить влияние царской администрации на местное население, в 1866 г. в Ташкенте было введено новое учреждение — махкама. В ее состав входили казий и семь аглямов, выбранных представителями коренного населения С этой целью в царскую администрацию приглашались 200 наиболее влиятельных жителей города, которые и выбирали членов махкамы. Деятельность махкамы контролировал особый царский чиновник.

В июле 1867 г. был принят закон о создании Туркестанского генерал-губернаторства в составе Российской империи. Центральное управление Туркестанского генерал-губернаторства состояло из генерал-губернатора и канцелярии генерал-губернатора. Генерал-губернатор получал неограниченные полномочия. Он занимал должности наместника царя, командующего военным округом, командующего казачьими войсками Семиречья и главного судьи. Канцелярия являлась главным исполнительным органом. Ни один государственный орган в Российской империи не имел таких полномочий, как генерал-губернатор. Местное население называло К.Кауфмана ярим-падишах (полуцарь), подчеркивая, что он был самодержцем Средней Азии. Областями Туркестанского края руководили военные губернаторы, в руках которых была сосредоточена гражданская и военная власть. Области делились на уезды, которые возглавляли начальники уездов. Города и кишлаки подчинялись начальнику своего уезда. Уезды, в свою очередь, делились на участки, которыми руководили участковые приставы.

По мере завоевания новых территорий в Сырдарьинской области были созданы новые административно-территориальные единицы: в 1868 г. - Зарафшанский округ с центром в Самарканде, в 1873 г. — Амударьинский отдел с центром в Петроалександровске (ныне Турткуль), в 1876 г. за счет ликвидации Кокандского ханства — Ферганская область с центром в г. Новый Маргилан (Фергана).

* Колониальный режим означает политическое, экономическое, социальное и духовное порабощение коренного населения завоеванной территории.