В конце XIX в. Бухара поддерживала торговые связи с Афганистаном, Индией, Ираном, Кавказом и Россией. В 1884 г. ювелиры и ремесленники Бухары принимали участие во всемирной выставке в Вене. Их изделия произвели глубокое впечатление на посетителей изысканным вкусом, изяществом форм и точностью рисунка.

Российские торговые предприятия обосновались в таких городах, как Бухара, Чарджуй, Керки, Термез и Новая Бухара. Товарооборот между Россией и Бухарой быстро рос: если в 1865 г. он составлял всего 5 млн. рублей, то в 1913 г. — 66 млн. рублей. Через Бухару проходили все торговые пути между Россией и Афганистаном. Россия ввозила в Афганистан в большом количестве сукно, фарфоровую посуду, бархат, ситец, спички, керосин и другие товары. Такая транзитная торговля приносила Бухаре большую прибыль.

В 1887 г. территорию эмирата пересекла железная дорога. В 15 км от Бухары было начато строительство Новой Бухары и станции Каган. Здесь были построены дворец эмира и резиденция Российского политического агента. Теперь Бухара была связана железной дорогой с Ташкентом, Оренбургом и Москвой. В 1888 г. железную дорогу проложили до Самарканда. На территории Бухарского эмирата при железнодорожных станциях стали строиться русские поселения. В Новой Бухаре было открыто отделение Русского государственного банка, построено два хлопкоочистительных завода, три гостиницы европейского типа. В старой Бухаре также было открыто отделение Московского международного банка. Была проведена телефонная связь между домом кушбеги в старой Бухаре и Российским политическим агентством в г. Кагане.

Однако в 1895 г. Бухарский эмират был включен в единую таможенную систему России, что сразу же усилило зависимость эмирата от Российской империи, так как он превратился во внутренний рынок для товаров из России.