После установления колониального режима в архитектуре Средней Азии происходят значительные изменения. Исчезает строительство культовых сооружений, грандиозных караван-сараев, мечетей, медресе, мавзолеев. Если в средние века среднеазиатские правители, стремясь завоевать симпатии и поддержку духовенства и оставить память о себе, строили величественные гробницы и соборные мечети, то теперь такое вложение средств стало минимальным.

Своеобразная архитектура развивалась и на территории Туркестанского генерал-губернаторства. Рост старых городов и появление новых требовал утверждения определенного порядка в застройке и правилах архитектурных форм. С конца XIX в. в каждом городе вводилась должность главного архитектора города, который должен был строго следить за выполнением всех требований архитектурных норм. Однако здесь мало заботились о тонкостях архитектурного искусства и строились большей частью практические здания с определенным назначением - школы, административные здания и т.д. В этот период развиваются новые приемы градостроительства, соответствующие духу времени, основанные на внедрении металла и бетона.

Среди зданий Ташкента, построенных в конце XIX — начала XX в. - дворец князя Н. К. Романова, школы для мальчиков и для девочек, техническая высшая школа, здание правительства.

Автором проектов многих зданий в Ташкенте: Учительской семинарии (1881 г.) и церкви при ней, Кирхи (1892 г.), Городской думы является архитектор Бенуа Алексей Леонтьевич (1838—1902 гг.), который приехал в Ташкент в 1874 г. Основным объектом творчества А. Л. Бенуа была Кустарно-промышленная выставка 1896 г., где им были спроектированы несколько павильонов и ворота в городской сад. Из построек А. Л. Бенуа в Ташкенте сохранилась лишь бывшая Кирха.

На протяжении веков Андижан служил восточными воротами в Ферганскую долину. Единственный главный архитектурный памятник — это выжившее в катастрофическом землетрясении 1902 г. огромное медресе Джами, длиной около 123 м.