Во второй половине VII века в арабском халифате разгорелась борьба за власть. Происходит ряд серьезных народных восстаний в Ираке и Сирии. В связи с этим завоевание новых земель на Востоке было отодвинуто на несколько десятилетий. При халифе Абд ал-Малике (685—705), когда были устранены внутренние распри, охватившие халифат, арабы стали готовиться к окончательному завоеванию Мавераннахра.

В 704 году Кутейба ибн Муслим, жестокий военачальник, хитрый и коварный политик, был назначен наместником Хорасана. На него была возложена задача покорения земель от берегов Амударьи до границ Китая. Без сомнения, это была очень тяжелая и серьезная задача. Военные действия Кутейба начал в 705 году с захвата области Балха. В скором времени без боя сдался правитель Чаганиана. Так начался второй этап движения арабов на Мавераннахр. В 706 году Кутейба с большим войском перешел Амударью и вторгся в Бухарский оазис. В его походе приняли участие военные силы правителей Балха и Чаганиана. Сначала он осадил Пайкенд, один из древнейших и самых цветущих городов Мавераннахра.

Поскольку пайкендцы вели международную торговлю, в это время большая часть мужского населения города находилась далеко за его пределами. Военный гарнизон, оставленный в городе, возглавлял некий одноглазый военачальник-тюрк. Пайкендцы, вместе с воинами, пришедшими на помощь из Согда и других соседних областей, оказывали ожесточенное сопротивление арабам. Осада продолжалась пятьдесят дней. Арабы прорыли под стеной города туннель, тем самым пробили брешь и вошли в город. После ужасной резни Пайкенд перешел в руки арабов. Оставшиеся в живых пайкендцы, уплатив контрибуцию, купили себе жизнь. Назначив одного из своих соплеменников по имени Варка ибн Наср эмиром Пайкенда, Кутейба со своим войском направляется в Бухару.

Но не успел Кутейба отдалиться от города на расстояние 30 км, горожане подняли восстание. Арабский полководец был вынужден остановить поход и вернуться. Пайкенд был снова захвачен. Все мужчины, способные держать в руках оружие, были убиты, женщины и дети — взяты в плен, город разрушен. В качестве трофея из Пайкенда, кроме двух исключительно крупных жемчужин, скульптур и утвари, изготовленных из золота и серебра, было взято большое количество оружия и военных принадлежностей. Войска Кутейбы благодаря захваченному вооружились всем необходимым. А Пайкенд остался лежать в руинах.

После трагедии в Пайкенде, с целью сопротивления и отпора опасному врагу, возглавляемому беспощадным Кутейбой, в окрестностях Тараба и Рамитана собрались ихшид Согда Тархун, бухар-худат Хунук и правитель Шапуркана во главе большого объединенного войска, а также предводитель 40-тысячного отряда тюрков по имени Курмаганун. Союзники окружили войска Кутейбы, и началось ожесточенное сражение.

Положение арабов стало критическим, и тогда Кутейба через тайно подосланных людей натравил ихшида Согда и тюрков друг на друга и таким обманным путем внес раскол в ряды союзников. Тем временем к Кутейбе подоспело подкрепление, с помощью которого он вырвался из окружения. На протяжении 707—709 годов Кутейба несколько раз наступал на Бухару, захватив большое количество окрестных крепостей и земледельческих усадеб. Правителем Бухары он назначил бухар-худата Тугшаду, а эмиром — одного из своих приближенных. На эмира возлагался контроль за действиями бухар-худата, командование арабским гарнизоном, оставленным в Бухаре, взимание налогов с населения и своевременная доставка их в казну.

Согласно договору о перемирии бухарцы ежегодно обязаны были платить определенную дань халифату, а также отдавать половину своих жилищ арабам, чтобы арабы "присматривали" за ними. По словам Наршахи, Кутейба распределил жилье в шахристане Бухары так, что часть города от ворот Аттарон и до ворот Hay контролировалась бедуинскими племенами Рабиъа и Музар, а остальная часть — йеменцами. Городской храм огня, расположенный в центре Бухары, Кутейба превратил в соборную мечеть. Арабы уничтожали зороастрийские рукописи, написанные на согдийском языке. Кутейба пытался привлечь местное население к мусульманской религии, выплачивая по два серебряных дирхема тем, кто приходил в мечеть молиться. Как отмечается в источниках, в этой плате были заинтересованы лишь бедняки. А богатых не интересовали деньги и в мечеть они не ходили.

В 710 году Кутейба, заняв Шуман, Нахшеб и Кеш, готовился к походу на Самарканд. Но распри, начавшиеся в Хорезме, создали удобный повод, и Кутайба не упустил этот случай. Он отложил поход в Согд и отправился с войском на Хорезм. В 711 году хорезмшах Чаган, испугавшись народного движения, возглавляемого его братом Хурзадом, обратился к Кутейбе за помощью. Восстание было подавлено войском Кутейбы, а Хурзад убит. Но хорезмшах от этого ничего не выиграл. Напротив, потеряв независимость, он превратился еще в одного плательщика дани, а его войско было вынуждено участвовать в дальнейших походах Кутейбы.